Krajowy Depozyt jest centralną instytucją odpowiedzialną za prowadzenie i nadzorowanie systemu depozytowo-rozliczeniowego w zakresie obrotu instrumentami finansowymi w Polsce. Rozliczenia odbywają się pomiędzy kontami poszczególnych uczestników Krajowego Depozytu, którymi są głównie domy maklerskie oraz banki. Salda tych kont wynikają z łącznej liczby instrumentów finansowych, jakie są zapisane na rachunkach klientów prowadzonych przez poszczególnych uczestników Krajowego Depozytu.
Emisja obligacji wprowadzana do obrotu na Catalyst musi być zdematerializowana i zarejestrowana w Krajowym Depozycie, który nadaje jej indywidualny kod stanowiący międzynarodowe oznaczenie identyfikujące papier wartościowy (ang. International Securities Identifying Number, „ISIN”) oraz kod klasyfikacyjny instrumentu finansowego (ang. Classification of Financial Instruments „CFI”).
W celu uzyskania rejestracji emitent składa do Krajowego Depozytu stosowny wniosek wraz z wymaganymi załącznikami, w tym list księgowy obligacji.
Do zadań Krajowego Depozytu należy m.in. realizacja zobowiązań emitenta wobec obligatariuszy – wypłata odsetek i kwot należnych za wykup obligacji.
W ustalonym terminie emitent przekazuje do Krajowego Depozytu kwotę należną wszystkim obligatariuszom z tytułu odsetek. Odpowiednio do stanu posiadania obligacji na kontach uczestników przypadających na dzień ustalenia praw do odsetek, Krajowy Depozyt rozdziela otrzymaną od emitenta kwotę na rachunki uczestników. Po otrzymaniu wyciągu z konta uczestnicy Krajowego Depozytu przekazują należne kwoty na rachunki poszczególnych klientów, odpowiednio do liczby posiadanych przez nich obligacji w dniu ustalenia odsetek. Analogiczne operacje przeprowadzane są przy przekazywaniu kwot z tytułu wykupu obligacji.

Jeśli emitent wprowadza obligacje na Catalyst wyłącznie dla uzyskania autoryzacji, nie jest wymagana rejestracja obligacji w Krajowym Depozycie, ale konieczne jest nadanie obligacjom kodów CFI. Aby uzyskać ww. kody, Emitent musi złożyć do Krajowego Depozytu stosowny wniosek i podpisać umowę, dołączając m.in. statut i uchwałę o emisji.