W zależności od przyjętego kryterium istnieje kilka sposobów klasyfikacji obligacji. Pod względem oznaczenia obligatariusza obligacje dzielą się na imienne oraz na okaziciela. Obligacje imienne zawierają wskazanie właściciela, a przeniesienie wynikających z nich praw następuje w formie cesji połączonej z wydaniem dokumentu obligacji. Obligacje na okaziciela mogą być przenoszone poprzez wręczenie nabywcy dokumentu obligacji przez jej zbywcę.

Obligacje mogą być także w formie materialnej i niematerialnej. Obrót obligacjami w formie materialnej na dużą skalę jest niemożliwy ze względu na konieczność przekazywania dokumentu obligacji. Obecnieobligacje materialne, czyli w formie dokumentu są rzadko emitowane– zastąpiły je obligacje zdematerializowane. Taka forma umożliwia sprawny obrót na zorganizowanych rynkach finansowych, ewidencję stanów posiadania oraz sprawne rozliczenia transakcji. Prawa wynikające z obligacji zdematerializowanych przysługują osobie wskazanej w ewidencji, stąd nie mogą być one zniszczone lub skradzione. Podmiotami uprawnionymi do prowadzenia ewidencji obligacji zdematerializowanych są: Krajowy Depozyt, banki oraz firmy inwestycyjne, np. domy maklerskie.
Z uwagi na termin wykupu obligacje można podzielić na krótko-, średnio- i długoterminowe. Obligacje, które zostały wyemitowane na okres do jednego roku określane są mianem krótkoterminowych. W przypadku obligacji o terminie wykupu powyżej jednego roku i krótszym od pięciu lat mówimy o obligacjach średnioterminowych, natomiast powyżej tego okresu o długoterminowych. Należy dodać, że pojęcia te są płynne i można się spotkać z innymi kryteriami klasyfikacji w tym zakresie.

Pod względem miejsca emisji obligacje dzielimy na:

• krajowe - emitowane na rynku krajowym, denominowane w walucie krajowej,
• zagraniczne - emitowane przez zagraniczny podmiot, denominowane w walucie kraju, w którym są sprzedawane, np. emisja obligacji polskiej spółki, denominowanych w jenach, sprzedawana w Japonii lub emisja obligacji amerykańskiej spółki denominowanych w złotych, sprzedawana na polskim rynku,
• euroobligacje - sprzedawane na rynku międzynarodowym w dowolnej walucie, np. emisja obligacji polskiej spółki, denominowanych w dolarach amerykańskich, sprzedawana w Japonii, lub emisja obligacji brytyjskiej spółki, denominowanych w dolarach amerykańskich sprzedawana w Polsce.